Cami 1428 yılında Yörgüç Paşa tarafından yaptırılmıştır. Yörgüç Paşa bir dönem Amasya'da Sancakbeyliği yapmış, daha sonra Çelebi Mehmet’in, oğlu Murat’ı küçük yaşta Amasya Sancakbeyliği'ne atamasıyla Şehzade Murat’ın lalası olarak Amasya’da kalmıştır. Sultan II. Murat zamanında vezirlik de yapacak olan Yörgüç Paşa'nın Amasya ve çevresinde önemli hizmetleri olmuştur. Yörgüç Paşa Camii Amasya’da sık görülen ters T planlı camilerdendir. Duvarlarında düzgün kesme taş kullanılmıştır. Kalın duvarlarda ve mekanı aydınlatan pencere kemerlerinde yer yer kırmızı ve beyaz mermer kullanılması yapıya renkli bir görünüm kazandırmıştır.
Orta bölümdeki giriş kapısı büyükçe bir eyvan biçimindedir. Eyvanın büyük kemeri de yine kırmızı ve beyaz mermerden oluşur ve kemer doğrudan doğruya duvarlara oturtulmak yerine duvarlardan biraz çıkıntı yapılarak örülmüş, bu da girişe zarif bir görünüm kazandırmıştır. Kapının üstüne yerleştirilmiş, geometrik motifler ve çiçek motifleriyle süslü sağır pencerelerin altında kitabe yer almaktadır. Caminin ilgi çekici özelliklerinden biri son cemaat yerinin caminin ana mekanı içinde olmasıdır. Giriş kapısının ardında ana ibadet mekanının büyük kubbeli birinci bölümü bulunur. Buradan doğu ve batı duvarlarındaki birer kapı ile yan bölümlere geçilir. Bu bölümlerin üzeri de birer kubbeyle örtülüdür.
